Flora, fauna i środowisko
Wielkość Indonezji, jej tropikalny klimat oraz fakt, że jest to archipelag, dają krajowi status drugiej strefy bioróżnorodności na świecie (po Brazylii). Indonezja posiada także najbogatszą faunę ze wszystkich krajów świata. Indonezja jest domem dla 47 dużych, odrębnych ekosystemów naturalnych, w których odnotowuje się około 17% gatunków planety; prawdopodobnie 11% roślin kwiatowych, 12% ssaków i 37% ryb. Ekosystemy te obejmują szeroką gamę ekosystemów morskich i przybrzeżnych, takich jak plaże, wydmy, ujścia rzek, namorzyny, rafy koralowe czy równiny błotne.
Najważniejszą cechą indonezyjskiego ekosystemu jest podział na strefy biogeograficzne, określone linią Wallace‘a, która biegnie z północy na południe między wyspami Borneo i Sulawesi, a następnie między wyspami Bali i Lombok. Większość wysp na zachód od niej, będąc w czasach prehistorycznych połączonych z kontynentalną Azją Południowo-Wschodnią i tworząc z nią region biogeograficzny Sunda odziedziczyła głównie florę i faunę typu azjatyckiego. Położona na wschód od linii Wallace‘a Nowa Gwinea i szereg przylegających do niej wysp, które w przeszłości stanowiły jeden kontynent z Australią, Sahul, są zamieszkane w większości przez gatunki podobne do australijskich. Jednocześnie najbardziej osobliwe pod względem przyrodniczym są tereny przylegające z obu stron do Linii Wallace’a – tzw. region Wallacea, obejmujący Sulawesi, Moluki i większość Małych Wysp Sundajskich. Wallacea, która jest biogeograficznie strefą przejściową między regionami Sunda i Sahul, ma w różnym stopniu cechy obu, a także szereg unikalnych cech – to właśnie tutaj znajduje się większość gatunków endemicznych dla Indonezji.
Flora
Namorzyny podczas odpływu
Na początku XXI wieku liczbę gatunków roślin występujących w Indonezji szacowano na około 28 tys. Co najmniej 60% powierzchni kraju zajmują wilgotne wiecznie zielone lasy równikowe, z których najbardziej zalesione są terytoria Borneo i Nowa Gwinea, a najmniejsze obszary w wymiarze względnym zajmują lasy na Jawie.
Lasy równikowe są typowe zarówno dla obszarów płaskich, jak i górskich. Do wysokości około 1500 m n.p.m. głównymi rodzajami roślinności są w nich fikusy, pandan, palma, paprocie drzewiaste, bambus. Na wysokości do 2500–3000 m wszechobecne są górskie lasy tropikalne z przewagą wiecznie zielonych gatunków liściastych i iglastych, a nawet wyżej – wyżynne krzywe lasy, krzewy i różne trawy. Namorzyny są szeroko rozpowszechnione na nisko położonych obszarach przybrzeżnych (Borneo, Nowa Gwinea i, w mniejszym stopniu, Sumatra). Wyspy w południowo-wschodniej części kraju mają również liściaste lasy tropikalne i sawanny, które często powstają po wylesieniu. Powierzchnia lasów maleje pod wpływem działalności gospodarczej człowieka – proces ten przebiega najszybciej na Jawie i Sumatrze.
Fauna
Park Narodowy Komodo
Wyspy kontynentalne Sunda (Sumatra, Jawa, Borneo i Bali), wcześniej związane z Azją, posiadają bogatą faunę azjatycką. Duże gatunki, takie jak tygrysy, nosorożce, orangutany, słonie czy lamparty, występowały licznie, ale liczba i rozmieszczenie tych gatunków gwałtownie spadły.
Na Sumatrze i Borneo dominują gatunki azjatyckie. Niemniej jednak lasy mniejszych lub gęściej zaludnionych wysp, takich jak Jawa, zostały w dużej mierze zastąpione obszarami rolniczymi. Sulawesi, Małe Wyspy Sundajskie i Moluki, przez dłuższy czas odseparowane od kontynentu, wykształciły unikalną florę i faunę. Papua, dawna część Australii, jest domem dla unikalnej flory i fauny podobnej do australijskiej, w tym m.in. ponad 600 gatunków ptaków[155].
Indonezja zajmuje drugie miejsce po Australii pod względem stopnia endemizmu, np. 26% z 1531 gatunków ptaków lub 39% z 515 gatunków ssaków jest endemicznych. 50 000 kilometrów tropikalnego wybrzeża Indonezji również przyczynia się do wysokiego poziomu bioróżnorodności kraju[156].
Wiele zwierząt jest zagrożonych, a populacje niektórych gatunków spadają w bardzo szybkim tempie. Tak więc tylko spośród ssaków 140 gatunków zostało sklasyfikowanych przez Międzynarodową Unię Ochrony Przyrody (IUCN) jako zagrożone, a 15 z nich uważa się za bliskie wyginięcia. Wśród tych ostatnich są takie zwierzęta jak orangutan, nosorożec jawajski, tygrys sumatrzański.